O Conselho Pedagógico é o órgão de coordenação e orientação educativa da unidade orgânica, nomeadamente nos domínios pedagógico-didático, da orientação e acompanhamento dos alunos e da formação inicial e contínua do pessoal docente e não docente. Na primeira reunião, o CP elege o seu Presidente, que tem mandato de três anos. Os restantes membros do CP têm mandatos de três anos, à exceção do coordenador dos diretores de turma, do coordenador do serviço de psicologia e orientação, do coordenador do núcleo de educação especial e dos representantes dos pais e encarregados de educação, cujos mandatos têm a duração de um ano. Atualmente, o Conselho Pedagógico é presidido pela Prof.ª Pureza Machado (Coordenadora do Dep. de Ciências Naturais e Exatas).
