O Núcleo de Educação Especial (N.E.E.) é um serviço especializado de apoio educativo da escola ao qual cabe contribuir para o despiste, o apoio e o encaminhamento das crianças e jovens com necessidades educativas especiais, desenvolvendo a sua ação nos domínios do apoio psicopedagógico a alunos e docentes, tendo em vista a promoção do sucesso escolar e da igualdade de oportunidades para os alunos com necessidades educativas especiais.

 O N.E.E. integra os psicólogos que prestem serviço na escola, os docentes especializados e não especializados colocados nos lugares afectos ao núcleo de educação especial, outros docentes afetos pelo Conselho Executivo, total ou parcialmente, ao apoio dos alunos com necessidades educativas especiais, e ainda os técnicos e o restante pessoal não docente que lhe seja afeto pelo Conselho Executivo. São competências do Núcleo de Educação Especial, entre outras:

a. Assegurar o cumprimento da escolaridade obrigatória das crianças e jovens com necessidades educativas especiais;
b. Proceder à avaliação pedagógica das crianças e jovens com necessidades específicas de educação;
c. Planear programas de intervenção, com base nos planos individuais, executá-los e proceder à sua avaliação, de acordo com as modalidades de atendimento previstas;
d. Promover a participação ativa dos docentes do ensino regular e dos pais na elaboração, execução e avaliação dos programas individuais;
e. Fazer o levantamento das necessidades e valências locais e manter organizados e atualizados os processos dos alunos, bem como o registo de dados estatísticos, relativos às crianças e jovens apoiados, ou a apoiar, e dos recursos humanos e materiais disponíveis;
f. Prestar serviços de aconselhamento a pais, a educadores e à comunidade em geral sobre a problemática da educação especial e cooperar com outros serviços locais, designadamente da saúde, da segurança social, do emprego, autarquias e instituições particulares de solidariedade social;
g. Implementar as orientações recebidas, dar parecer sobre matérias relativas ao âmbito da sua atividade e propor acções de formação contínua;
h. Participar nos conselhos de núcleo, conselhos de turma e outras reuniões escolares, no sentido de contribuir para o esclarecimento e solução de problemas relativos a alunos com necessidades educativas especiais;
i. Organizar e executar programas de pré-profissionalização e formação profissional, bem como promover a integração familiar, social e profissional das crianças e jovens com necessidades educativas especiais.